La Cofradía Penitencial y Sacramental de la Sagrada Cena fue fundada el 21 de noviembre de 1940 por un reducido grupo de personas, amantes de la eucaristía, a la cabeza de los cuales se situaba Rvdo. Sr. D. Andrés Gamboa Murcia, el cual, se propuso, desde el primer momento, dotar a la Semana Santa de Valladolid de un nuevo paso que mostrara la Institución de la Eucaristía.

Varias han sido las sedes que la cofradía a recorrido a lo largo de su vida, surgida en la Iglesia de San Felipe Neri, ha pasado por las de la Magdalena, San Pablo y por fin la actual de San Pedro Apóstol en la que esta instituida canónicamente desde el año 1965. En 1942 se convoca un concurso para la realización de su paso titular “la Sagrada Cena”, siendo este adjudicado al escultor vasco Juan Guraya Urrutia, quien tardará 16 años en ejecutarlo, periodo en el cual la cofradía alumbro al paso “Camino del Calvario”, propiedad del Museo Nacional de Escultura y realizado por Gregorio Fernández en el año1614.

La Cofradía procesiona en la noche del Viernes de Dolores en la Procesión de Perdón y Esperanza alumbrando al paso de “Jesús de la Esperanza” portado a hombros así como en la tarde del Jueves Santo en su procesión titular con los pasos “la Sagrada Cena” y “Jesús de la Esperanza”, esta última imagen, destinada en origen al monumental conjunto fue posteriormente sustituida por la actual, antes de su estreno el 16 de abril de 1958, al resultar a juicio del escultor más adecuada a la figura en el paso.

Con los mismos pasos desfila abriendo la procesión General de la Sagrada Pasión del Redentor en la tarde del Viernes Santo y finaliza sus desfiles procesionales con la participación en la procesión del Corpus Christi abriendo camino al Señor con su paso titular "La Sagrada Cena", representando lo que en cuerpo va en la Custodia de Juan de Arfe.

El 31 de marzo de 2019 en junta general ordinaria se aprobó la advocación mariana, quedando instituida desde ese momento "Nuestra Señora del Sagrario" como titular mariana, completándose así el culto y devoción de la cofradía. El 13 de junio de 2021 la junta general ordinaria de la Cofradía elegía entre una terna de artistas al imaginero hispalense D. José Antonio Navarro Arteaga como encargado de realizar la imagen de "Nuestra Señora del Sagrario".

En la actualidad la cofradía la forman alrededor de 550 cofrades de ambos sexos, todos con los mismos derechos y obligaciones.